Program kegiatan belajar di MTs Imarotul Khoirot berfungsi untuk mengoptimalkan potensi peserta didik dalam upaya menguasai pengetahuan, kompetensi, keterampilan dan pengamalan agama Islam berdasarkan Al-Qur’an dan Hadits secara Kaffah yang dibutuhkan untuk menjalani kehidupan sehari-hari dan persiapan memasuki jenjang pendidikan berikutnya serta mampu menjadi pribadi yang memiliki karakter kepemimpinan berbudi mulia yang mampu beradaptasi dengan tepat dan benar terhadap perubahan dan perkembangan zaman